采用肌肉注射，也就是将疫苗打在肌肉里，产生的免疫效果最好。

肌肉里有引发免疫反应所必需的细胞——抗原递呈细胞，疫苗注射到肌肉后，会招募树突状细胞聚集过来，这是机体功能最强的专职抗原递呈细胞，它会高效地摄取、加工处理和递呈抗原(疫苗)，将其转移至免疫系统的大型集合点——淋巴结。

在淋巴组织，由树突状细胞递呈的抗原会遇到抵御特定病原体的T细胞和B细胞。T细胞主导细胞免疫，而B细胞则主导体液免疫，产生抗体。当真正的病原体感染人体时，相关的抗体便协同免疫系统对抗入侵的病原体，预防疾病的发生。

大多数疫苗是由两部分组成的，一部分是主成分抗原，另一部分是辅助成分佐剂。佐剂能够诱导机体产生长期、高效的特异性免疫反应，提高机体保护能力，同时减少免疫物质的用量，降低疫苗的成本。但绝对安全的佐剂是不存在的，它们往往具有一定的副作用，而大部分佐剂在肌肉注射时副作用远小于静脉注射，2000年《英国医学期刊》有一篇有关肌肉注射疫苗重要性的研究报告,证实肌肉注射较少发生局部不良反应。因此，肌肉注射疫苗是最恰当的选择。